雍正和允祥，在康熙时是一对难兄难弟，雍正朝则成了密迩无间的君臣。
雍正继位，命允祥总理事务，封怡亲王。元年设立会考府，命允祥主其事。允祥同时奉命管理户部三库、户部事务。雍正谅闇期间，四个总理事务王大臣中，主事的就是允祥和隆科多。后来雍正回忆这段历史，说“辅政之初，阿其那包藏祸心，扰乱国是，隆科多作威作福，揽势招权，实赖（怡亲）王一人挺然独立于其中，镇静刚方之气，俾奸宄不得肆其志“。是的，允祥和皇帝关系最密切，其他王大臣不能不注意他的态度。三年（一七二五年）冬，允祥主持新开展的直隶营田事务。雍正前期，允祥以相当多的精力从事整顿财政、发展生产的事情，雍正赠他的诗中说：“经理度支需赞画，畴咨水土奏丰穰”。确是纪实的。六年（一七二八年）五月，雍正讲到云南布政使李卫的铜政业务时说：“怡亲王之在户部，诺岷之在山西，李卫之在滇南，实系公忠体国，涤弊清源，劳绩茂著”。充分肯定了允祥的理财作用。七年（一七二九年），军机处成立，雍正命允祥为军机大臣，办理西北两路用兵的事情，前已叙过，开始筹商这件大事时，只有允祥、张廷玉几个人预谋，由此可见允祥是雍正朝政治舞台上的重要角色。
允祥只在任总理事务王时官位最崇，后虽为议政大臣、军机大臣，但后一官职在军机处制度草创之时，远不象后来之尊贵。后人为允祥作传的非常少，除《清史稿》外，仅见彭绍升的《和硕怡贤亲王》和张廷玉的《澄怀园文存》中的传，内容又及其简略。这就使得人们不易了解他在朝政中真正的地位和作用。其实，允祥在没有正式名义的情况下，在雍正指导下处理了繁杂的事务。
雍正发号施令，有时亲自进行，发布口谕，或朱谕、朱批，有时用大学士传旨，有时用亲重大臣，如二年（一七二四年）初冬，年羹尧陛见期间，用他传旨。允祥是被经常用作传旨的亲王，在朱批奏折中，就有疆吏对怡亲王传旨事务处理的报告，即是他此类活动的证明。传旨，代皇帝发令，“口含天宪”，自极重要，而允祥等的传旨，又与汉、唐、明的宦官专擅不同，他是以亲王之尊，奉皇帝之旨出纳王命，是参与处理最高级政务的表现。
雍正不许官僚结党，为惩治政敌所必需，但官僚为保持自己的地位和升迁，总想在权臣中找个靠山。雍正知道这种情况与结党乱政不同，虽然也不允许，但不绝对禁止，特别是为了牢固控制疆吏以及中级地方官，一人难于做到，需要有个中间人，这就使用了允祥。要他转递一些官员的奏折，还令一些大员私下与允祥接触。如在河道总督齐苏勒的二年十二月十三日的奏折朱批中说：知道你同怡亲王没有往来，今令你同他接交，因这是朕的主意，不用害怕，“保于尔有益无损也”。又为使齐苏勒进一步安心，告诉他对允祥的评价：“王公廉忠诚，为当代诸王大臣中第一人，尔其知之”。有这个谕旨，齐苏勒自然向允祥靠拢了。为了摊丁入粮的实行，允祥奉命主动支持创议人李维钧，雍正亦指示李有事可同允祥秘商，迨后为拆散李与年羹尧的关系，再次命他同允祥联系：“诸王大臣中秉公为国家爱惜人才者，惟怡亲王一人，卿尚有不便达朕琐屑之隐情，怡亲王尽能照拂，并可为卿周全，卿何不乐为此不担干系之坦途耶！”与别人联络，有结党之嫌，惟与允祥交往不用作此担心，这是雍正特许的。在这类联系中，允祥作为皇帝的代表，与那些人商洽政事，乃至他们的私事，疏通臣下与皇帝的感情，这也是使疆吏绝对忠于皇帝的一个方法，是皇帝无精力做的或不便做的，允祥替雍正操办了。
雍正说允祥“为国荐贤之处甚多”。允祥向雍正推荐允礼是件大事。康熙第十七子允礼被雍正认为参加了允禩党，康熙死，雍正罚他往守陵寝。这时允祥奏称允礼“居心端方，乃忠君亲上深明大义之人”，极力保举。雍正采纳他的意见，元年（一七二三年）即封允礼为果郡王，命管理藩院事，三年（一七二五年）以他实心为国，操守清廉，给亲王俸，并按亲王给以侍卫。六年（一七二八年）晋封他为果亲王。以后雍正又用他管工部、户部三库、户部事务，任宗人府宗令，办理苗疆事务。使允礼成为雍正朝赫赫有名的凛不可犯的贵族。他所以能得到这个地位，雍正之所以能得此宠臣，用雍正的话说是“朕之任用果亲王者，实赖（怡亲）王之陈奏也”。允祥还以推荐李卫而被雍正感念在怀，据雍正说，李卫在户部任郎中时，还不知道他，是允祥“在朕前极力保荐，谓其才品俱优，可当大任。”所以才屡加擢用，使之位至总督。其他经允祥保举的人尚多，如刘世明用至福建总督。
允祥还能向雍正进谏。雍正用年羹尧主持青海军事，隆科多阻挠他成功，允祥针锋相对，向雍正说：“军旅之事，既已委任年羹尧，应听其得尽专 之道，方能迅奏肤功。”雍正听了他的话，不从中制肘，于是青海迅速成功。雍正要惩治一些官僚，允祥也屡加谏阻，追赔户部积欠，经允祥多次奏请，雍正作了减免。
此外，允祥做的事还很多，管理汉侍卫，督领圆明园八旗守卫禁兵，负责雍正办公处养心殿的用物制造，雍正的藩邸旧务，诸皇子的事务，雍正的陵寝，均由允祥经营。雍正曾说他办过的事情：“总理事务，王夙夜匪懈。……至于军务机宜，度支出纳，兴修水利，督领禁军，凡宫中府中，皆王一人经画料理。”而且“无不精详妥协，符合朕心”。允祥即是参予帷幄的重臣，又是雍正的大管家和侍卫长。
