康熙继位以后,北方连续性的天花爆发已开始减弱,同时南方传统种痘疫苗法也传到了北方。这种民间种痘法,最早起源于明朝隆庆年间(16世纪下半叶),又称吹鼻种痘法。一般分为两种,一种方法叫旱苗法,即取天花者的痘痂研成细末,加上樟脑冰片等吹入种痘者鼻中;另一种方法叫水苗法,就是将患者的痘痂加入人乳或水,用棉签蘸上,塞入种痘者的鼻中,两种方法都是为了让种痘者轻度感染上天花,发烧出疹,再经过精心护理,病症消失后,相当于已得过天花,从而具有了免疫力。
防痘种痘的推行是从宫中开始的。康熙十七年(1678),皇太子出痘,其时正值平西王吴三桂等三藩叛乱的关键时候,为了能更多地亲自护理出痘的太子,康熙皇帝竟然连续十二天内没有批阅奏章。太子痊愈后,清廷还举行了一系列的庆典活动,祭天颁诏,搞得十分隆重。
在皇太子出痘期间,有个候选知县,名叫傅为格,侍奉皇太子调理治痘方面很有些成绩,因此被升为武昌通判。两年后,因为他善于种痘,又被康熙皇帝召入宫中,专门负责为皇子们种痘防疫。从此,清宫中皇子种痘防天花的制度正式确立。清宫中皇子种痘,一般都在年幼时期。二至四岁是种痘的最佳年龄。种痘时间一般选在春秋两季,天气清爽,便于护理。水苗法采用的最多。地点一般在紫禁城内,或者圆明园。
皇子种痘的程序十分神秘复杂。据清宫《阿哥种痘档》记载:乾隆二十八年(1763)春,乾隆皇帝的第十五个儿子永琰(就是后来的嘉庆皇帝)种痘,首先钦天监按十五阿哥的八字查好种痘吉时,奏请皇帝、皇后、皇太后等。然后在圆明园五福堂设立一个封闭性的临时种痘护理所,除了四名大夫昼夜值班观察外,还设十几个太监侍候。种上痘的十五阿哥,被置于秘室中,为了避光,四周都用黑、红两色毡子围住。此外,在旁边的房间,还专门设堂,供奉天仙娘娘、痘疹娘娘、眼光娘娘、痘儿哥哥、药王、药圣、城隍、土地等,以祈求诸神的保佑。御医每天三次为十五阿哥把脉观察,及时将情况记录在案。半个月后,十五阿哥终于渡过种痘历程,一切症状消失后,走出了不见三光(日、月、星光)的暗室,皇后及十五阿哥的生母庆妃前来拈香探视后,还举行了盛大的“送圣”仪式。
这种先进的种痘疫苗法,康熙不仅在宫中推广,而且在八旗中普遍实施,甚至推广到漠南、漠北蒙古。当时在京的西洋传教士殷弘绪在写给一位欧洲教友的信中曾见证了1724年,康熙皇帝派人给蒙古推行种痘法的事情,并说效果很好,御医们回来时带了病家为表示感激送的鞑靼(蒙古)盛产的许多马匹、皮毛。康熙皇帝与王公大臣谈及此事时曾说:“国初人多畏出痘,至朕得种痘方子,诸子女及尔等子女,皆以种痘得无恙。”