他的后妃:
孝端文皇后，博尔济吉特氏，（所有博尔济吉特氏都是蒙古科尔沁部人）名哲哲。正宫皇后。生三女，下嫁额哲、奇塔特、巴雅思祜朗。
孝庄文皇后，博尔济吉特氏，名布木布泰。永福宫庄妃。生一子，顺治帝。女三，下嫁弼尔塔哈尔、色布腾、铿吉尔格。
敏惠恭和元妃，博尔济吉特氏，名海兰珠。关睢宫宸妃。生一子，二岁而殇。
懿靖大贵妃，博尔济吉特氏,名娜木钟。麟趾宫贵妃。生一子，博穆博果尔。一女，下嫁噶尔玛索诺木。
康惠淑妃，博尔济吉特氏，名巴特玛。衍庆宫淑妃。
元妃，钮祜禄氏。弘毅公额亦都的女儿。生一子，洛博会。
继妃，乌拉纳喇氏。生二子，豪格、洛格。一女，下嫁旺第。
侧妃，叶赫纳喇氏。生一子，硕塞。
侧妃，扎鲁特博尔济吉特氏。生两女，下嫁夸扎、哈尚。
庶妃，纳喇氏。生一子，高塞。二女，下嫁辉塞、拉哈。
庶妃，奇垒氏。察哈尔部人。生一女，下嫁吴应熊。
庶妃，颜扎氏。生一子，叶布舒。
庶妃，伊尔根觉罗氏。生一子，常舒。
庶妃，生一子，韬塞。
庶妃，生一女，下嫁班第。
子女
皇太极生有11子14女。
子
爱新觉罗·豪格，长子，肃武亲王。
爱新觉罗·洛格，早殇
爱新觉罗·洛博会，早殇。
爱新觉罗·叶布舒，四子，辅国公。
爱新觉罗·硕塞，五子，承泽裕亲王。
爱新觉罗·高塞，六子，镇国悫厚公。
爱新觉罗·常舒，七子，辅国公品级。
第八子，早殇。
爱新觉罗·福临，九子，清世祖，顺治帝。
爱新觉罗·韬塞，十子，辅国公。
爱新觉罗·博穆博果尔，十一子，襄昭亲王。
女
长女：敖汉固伦公主，母继妃乌喇那拉氏，嫁蒙古敖汉部郡王班第。
次女：固伦温庄长公主，名马喀塔，母孝端文皇后，先嫁蒙古察哈尔部林丹汗之子额哲，再嫁额哲弟阿布奈。
三女：固伦靖端长公主，母孝端文皇后，嫁蒙古科尔沁部奇塔特。
四女：固伦雍穆长公主，名雅图，母孝庄文皇后，嫁蒙古科尔沁部弼尔塔哈尔。
五女：固伦淑慧长公主，名阿图，母孝庄文皇后，先嫁正黄满洲旗人索尔哈，再嫁蒙古巴林部色布腾。
六女：固伦公主，母侧妃博尔济吉特氏，嫁满洲旗旗人夸札。
七女：固伦淑哲公主，母孝庄文皇后，嫁镶黄满洲旗旗人喇玛思。
八女：固伦永安长公主，母孝端文皇后，嫁蒙古科尔沁部巴雅斯护朗。
九女：母侧妃博尔济吉特氏，嫁博尔济吉特氏哈尚。
十女：县君，母庶妃纳喇氏，嫁满洲旗人瓜尔佳氏辉塞。
十一女：固伦端顺长公主，母懿靖大贵妃，嫁博尔济吉特氏噶尔玛索诺木。
十二女：乡君品级，母氏阙，嫁博尔济吉特氏班第。
十三女：母庶妃纳喇氏，嫁满洲旗人瓜尔佳氏哈拉。
十四女：和硕恪纯长公主，母庶妃察哈尔奇垒氏，嫁吴三桂子 吴英雄
