太医院为宫廷医疗机构，旧署在北京正阳门内东郊米巷（后改称东郊民巷）。光绪26年（1900），八国联军入侵北京，清廷屈于帝国主义势力，被迫与之签订丧权辱国条约——《辛丑条约》。条约共十二款，其中第七款就是将东郊米巷一带划为各国驻中国的使馆区。因此，太医院另建新署于地安门外迤东路北，今遗址尚存，但已面目全非，昔日衙门形式，不可复见。在宫内设有“他坦”（即休息处），在紫禁城内东墙下、上驷院之北，今亦毁无存。
太医院设官，首长曰院使，副职曰左院判、右院判。所属官员，有御医、吏目、医士等名目，一般通称太医。历朝员额，增减不一。今以光绪朝为例：御医十三人，吏目二十六人，医士二十人，医生三十人。医术分为九科，曰：大方脉、小方脉、伤寒科、妇人科、疮疡科、针灸科、眼科、口齿科。自院史以下至医士以所业专科，分班入宫，输流侍直。在宫中者曰宫直，外廷者曰六直。宫直在内药房及各宫外班房侍直，六直在外直房侍直。
太医赴各宫看病，均由御药房太监带领。诊治皇帝疾病须会同太监、内局合药，将药方连名封记。具本开列本方药性、治疗之法，并在月日之下，太医、太监署名，进呈皇帝阅览。仍须等级入册，教太监收管，以凭查考。
煎调御药，太医院官与内监一同监视，以两服药合为一副。俟熟，入分两杯，一杯先由主治太医先尝，次院判，次内监；另一杯进皇帝服用。入和合药味，不依照本方，或封题错者，均以“大不敬”论。若是皇帝疾病，医药无效，以致死亡，即所谓“龙驭上宾”，太医院医官就要给予处分。如同治帝死后，奉慈安、慈禧皇太后懿旨：“上月大行皇帝天花，李德立等未能力图保护，厥咎甚重。太院左院判李德立、右院判庄守和，均着即行革职，戴罪当差。钦此。”后来光绪帝之死，太医院院使张仲元、御医全顺、医士忠勋等，也受同样德处分。这是在封建帝制政权时代，太医们德不幸遭遇。但是虽然有了处分，究其实际，也不过是例行公事，官样文章罢了。
同治帝之病，是偶发的烈性传染性疾病（天花），从发病到死亡，历时仅37天。在这期间，病状和医疗过程，都有记录，详见《万岁爷天花喜进药用药底簿》，而与之治疗者都是太医。光绪帝之病于同治帝不同，他是久病之人，历时很长，而且患有多种症状，可以说是百病缠身。太医面对这种情况，颇感棘手，虽投以药饵，迄无效果，相反病情日益剧增。于是下诏访求民间良医，经各省将军、总督、巡抚等先后保荐来京诊治者，有陈秉钧、曾元恒、吕用宾、周景涛、杜仲俊、施焕、张鹏年等人，惟所开药方迄未见效，沉疴不起，挽回无术，最后还是“龙驭上宾”了。这是皇帝有病，除由太医“请脉”外，兼用民间医生治疗，其事例是少见的，也是宫中医疗史上值得记述的一页。
太医在宫中为皇太医者姓名，后、皇后、贵妃、妃、嫔、贵人、答应、常在等人诊治疾病，处方用药，患者名位、都需一一登记注册，以备查考。就是宫眷们使用的人，如妈妈里、女子，以及太监等，有病诊治，也是如此。
太医不仅在宫中从事医事活动，在宫外也有活动。凡诸位王公、公主、额驸以及文武大臣，请医视疾者，太医院奉旨差官前往，并将治疗经过情况，具本回奏。外藩公主、额驸及台吉大臣有病，亦奉旨前往诊视。如患者有所酬谢，也须奏明皇帝礼物收受与否，遵旨而行。
皇帝出宫，前往园囿巡幸，太医院医官亦跟随前往，有奉旨点用者，有按班轮派者，情况不一。由于时光流逝，到了1911年，辛亥革命结束了清王朝，废帝溥仪本应即时离开宫廷他住。但当时有所谓“优待清室条件”八款，其中第三款是“大清辞位之后，暂居宫禁，日后移颐和园，侍卫人等，照常留用。”太医院是在照常留用范围内的，太医仍在宫中从事医事活动。1924年，溥仪被逐出宫，太医院也就随之风流云散，幸宫内还存有一些医药档案，从这里犹可见当时太医们在宫廷内的活动情况。
