对于和珅的长期专擅和种种不法，嘉庆帝在皇子时代就早有所知，“当和珅出入于宫中时，伺高宗喜怒，所言必听。虽诸皇子亦惮畏之。珅益娇纵，尝晚出，以手旋其所佩剔牙杖，且行且语曰：“今日上震怒某哥，当杖几十。睿宗为皇子，必屡受其侮辱，故在谅阁中即愤，而出此不能再容忍矣。”颙琰在即将嗣位时，和珅又自恃是出纳帝命的近臣，自作聪明，自我卖弄，竟在恩命宣示之前，通过进递如意预为泄露，借此以邀拥戴之功。可是在稍后，又“密取仁宗贺诗白高宗，指为市恩。”不仅使颙琰的恩师朱珪未能进京出任要职，甚至连颙琰本人，也险些阴沟里翻船。所以他早知道和珅不是好人。及至嗣位之后，经过太上皇的三年训政，嘉庆帝对于和珅其人，领教也是在够了，同时也把他看透了。因而要整饬内政、挽救危机，必须从诛和珅入手，这是他早已计划好了的。三年的“韬晦”，就是等待着诛除和珅这一天的到来。因而嘉庆帝对此所采取的措施异常果断，即使是大孝在身、大丧之日动手，也在所不惜。
乾隆在嘉庆四年（1799）正月初三病逝，嘉庆即于初四日剥夺了和珅军纪大臣、九门提督两职，只命守值殡殿。
正月初八日，也就是乾隆去世后的第五天，嘉庆帝便正式动手了。这一天，他一方面针对和珅长期把持军机处，任意封锁消息、扣押奏报的情况，下了一道上谕：“内阁、各部院衙门文武大臣，及直省督抚藩臬凡有奏事之责者，及军营带兵大臣等，嗣后陈奏事件，俱应直达朕前，俱不许另有副封关会军机处。各部院文武大臣，亦不得将所奏之事，预先告知军机大臣。即如各部院衙门奏章呈递后，朕可即行召见，面为商酌，各交该衙门办理，不关军机大臣指示也。何得豫行宣露，致启通同扶饰之弊耶。”另方面即以给事中王念孙、御史广兴等列款纠劾，宣布夺大学士和珅、户部尚书福长安职。下狱治罪。特命皇兄仪亲王永璇、成亲王永瑆前往传旨，由武备院卿、护军统领阿兰保监押以行。与此同时，在人事组织上也作了相应的部署，任命仪亲王永璇总理吏部，成亲王永瑆总理户部兼管三库。对军机处、内阁、吏部、户部、兵部等关键部门的领导层，也做了必要的调整。所有者一切，都是围绕着诛除和珅这一目的进行的。
说到所谓“科道参劾”，其实不过是一种形式。对于剪除和珅，嘉庆帝早已胸有成竹。他在做皇子时就写过一篇《唐代宗论》，其中说道：“代宗虽为太子，亦如燕巢于幕，其不为（李）辅国所馋者几希。及帝即位，若苟正辅国之罪，肆诛市朝，一武夫力耳！乃舍此不为，以天子之尊，行盗贼之计，可愧甚矣。”唐代宗李豫在当时能否用“一武夫力”去诛除李辅国，那是另一回事；但嘉庆帝所考虑的确是用“一武夫力”去诛除和珅，并且使骄横二十多年的和珅束手就擒，“如缚庸奴。”从其后公布的和珅二十 大罪状来看，有很多都是一般言官不可能知道的。可见这一切都是在嘉庆帝亲手策划下进行的。如果没有嘉庆的示意，很难想象一般的言官会在太上皇大丧的日子，去触动像和珅这样的大人物。
由于有了科道参劾开路，事情的进展便异常地迅速，到正月十一日，嘉庆帝便公开出台了他为和珅问题专门所发地一道上谕，其中地措辞又充分表现了他的机智与胆识。因为在先帝大丧之日。即着手清除先帝简用的重臣，这在封建典常里的确是一件不可思议之事，也是历代少有的事。为了保存自己“仁孝”之名，也为了抢先堵住一部分人的口，嘉庆先发制人，主动触及这个敏感的问题。他在上谕中首先直接了当的提出：“朕亲承托付之重，兹猝遭皇考大故，飐块之中，每思论语所云三年无改之意。如我皇考敬天法祖，勤政爱民，实心实政，溥海内外，咸所闻知，方将垂示万年永为家法，何止三年无改。至皇考所简用之重臣，朕断不肯轻为更易，即有获罪者，稍有可原，犹未尝不思保全，此实朕之本衷，自必仰蒙昭鉴。。。”这些话，无论是讲的还是听的，都会感到十分在理。然而嘉庆笔锋一转，下面的文章便出来了：“今和珅罪情重大，并经科道诸臣列款参奏，有难以刻贷者。是以朕于恭颁遗诏日，即将和珅革职拿问，胪列罪状，特谕众知之。。。”经过了这么一转，不要说是“垂示万年”，“三年无改”，看来三天不改也等不及了。
接下来发交各省督抚进行议罪。直隶总督胡季堂奏称：“和珅丧尽天良，非复人类，种种悖逆不臣，蠢国病民，，儿同川楚‘贼匪’，贪黩放荡，真一无耻小人，丧心病狂，目无君上，请依大逆律凌迟处死。”胡季堂把和珅比作白莲教，实在是不伦不类，不过他把和珅大骂一通，并要求处死和珅，这是符合嘉庆帝心意的。正是上上下下有了这种舆论，嘉庆遂于正月十五日正式公布了和珅的二十大罪状。
当时与和珅同案处理的，只有福长安一人。他与和珅同时被革职下狱，同时公布罪状和议处。福长安的家世本十分显赫，他的父亲傅恒是乾隆重臣，任大学士及军机大臣达23年之久。兄弟福灵安、福隆安福康安在乾隆时也身居要职，手握重权。福长安本人当时任军机大臣、户部尚书。
如果把福长安的罪状与和珅的比较话，不难看出福的罪状是比较抽象和含糊的。试想连嘉庆帝本人当年在太上皇与和珅面前，尚且要搞“韬晦之计”，其它臣僚还敢对和珅说个“不”字吗？！因而以“不据实直陈”作为福长安的罪状，这是很勉强的，至于福与和珅一伙干了哪些肮脏勾当，这在公布的罪状里都很不清楚。看来这也是福长安在稍后获得减赦的一个重要原因。
自和珅二十大罪状公布后，此案的进度便进一步加快，一切都按照嘉庆帝的给定计划进行，经过了大学士、九卿等文武大员及翰詹科道官员的会议，奏请“将和珅照大逆律凌迟处死。福长安照朋党律拟斩，请即行正法。”这样，诛除和珅的最后一道法律手续也算是完成了，只等嘉庆帝作最后的裁决。在大局已定的情况下，“皇妹（乾隆第十女，和孝固伦公主）之为珅子（丰绅殷德）妇者，涕泣请全其肢体，屡恳不止。大臣董浩、刘墉亦乘间言，珅罪虽万剐犹轻，曾任先朝大臣，请从次律。”所谓“不看僧面看佛面”，既然是公主出面为公公求情，这点面子嘉庆帝还是要给的，他也不想做得太绝，所以在量刑上做了一些不是实质性的变通，于正月十八日正式下达上谕，宣布和珅“赐令自尽”；福长安“应斩监候，秋后处决”。
谕下当天，即赐帛令和珅在狱中自缢。这时距乾隆去世仅半个月，距和珅下狱也只有七天，可见嘉庆处理和珅一案，从快之意甚明。和珅临死之前写下了一首诗说：‘五十年来梦幻真，今朝撒手谢红尘。他日水泛含龙日，认取香烟是后身。”此诗似偈似谣，前两句含义尚明，因为和珅生于乾隆十五年（1750),死于嘉庆四年（1799），刚满五十岁。从权力的顶峰一下子跌落深渊，这对和珅来说当然是一场梦，而且是一场噩梦；后两句的含义则比较隐晦，大概是属于某种诅咒，或者是身后报应之类，只不过不便明说罢了。
