福临亲政后，理事三王提出了大婚问题。皇帝认为“未可遽议”，拖了半年才进行。过了三年他忽然命礼部、内三院察阅前代废后事例，提出废后，因“意志不协”，此事惊动朝野。有学者认为是“判断其是否真正完全掌握军国大权的一个重要标志”，有的认为“其间透露了福临长大后与其母孝庄文皇后的不睦”，到底是什么原因使皇帝作出如此举动？
顺治八年（1651）正月十七日，十四岁的顺治帝福临举行亲政典礼后的第五日，他的亲舅舅和岳父科尔沁卓礼克图亲王吴克善，亲送先前聘订之女博尔济锦氏至京，理事三亲王满达海、郡王博洛、尼堪以及众内大臣奏请于二月内举行大婚吉礼。
这位科尔沁公主，门第高贵。她的曾祖父莽古恩之女为太宗孝端文皇后，其姑姑是孝庄文皇后为福临生母，这样亲上加亲，理应是一件美事。本应立即允准王大臣之议，福临却下了一道“大婚吉礼，此时未可遽议，所奏不准行”的谕旨。这是怎么回事呢？看来，他对此婚事不是很喜欢。
但是，过了四个月之后，顺治八年六月十八日却制定了大婚礼物清单，包括纳彩礼，大征礼，送皇后至时的礼物等。这表明福临的态度有了变化，准备接收这门婚事。
果然，顺治八年八月十三日，入住中原后的第一位大清皇帝册立皇后的大吉礼举行。《清世祖实录》对此礼仪有详细的记载，其中皇后册文对之作了“毓秀懿门，钟灵王室，言容纯备，行符图史之规，矩度幽闲，动合安贞之德”的评价。为大婚礼成，加圣母徽号为“昭圣慈寿恭简皇太后”，诏告天下，以恭上圣母尊号礼成大赦天下，普施皇恩。
福临的转变，当是考虑了亲政之后内忧外患诸多因素。他当然要考虑亲生母亲孝庄皇太后的意见，立自己的表妹为皇后是对母亲娘家的又一特大恩宠，为其本家族的荣华富贵合特殊地位提供又一新的保证，也为妥善处理太后与皇后的婆媳关系创造乐有利的条件，姑姑与亲侄女的婆媳关系总比与外来的皇后媳妇要好处理得多。而且尊重母后意见，也可以更好的笼络科尔沁国以及其他蒙古王公，对巩固多尔衮猝死后的大清国统治，对捍卫爱新觉罗王朝，也具有十分重要的意义。
福临在大婚至亲政这一段时日内，与郑亲王济尔哈朗联手加强君权：首先向睿王多尔衮党羽博尔辉等正白旗五大臣开刀加以惩治，接着以苏克萨哈等首告多尔衮私制八补龙袍等御用服饰为导火线，议定大罪十余条。郑亲王等奏“以此思之，多尔衮显有悖逆之心”，将声讨多尔衮过恶推向高潮。福临下诏称：“多尔衮逆谋果真，神人共愤，谨告天地、太庙、社稷，将伊母子并妻所得封典悉行追夺”，将睿王之正白旗收归皇上亲辖，宅地入官，捣毁陵墓，鞭尸砍首，焚尸扬灰。不久，又将背叛皇上，投靠多尔衮的大学士刚林、吏部尚书谭泰、固山额真何洛会等折死籍没，令阿济格及其子劳亲自尽，沉重打击了多尔衮的残余势力。
其次，福临一面对八旗大臣普施皇恩，另方面主要栽培扶植忠于皇上的大臣，特别是原两黄旗的大臣。为遏必隆、希褔、祖泽润、马喇希等冤狱平反昭雪，复职复爵，为图赖、图尔格、巴哈、索尼、鳌拜、遏必隆洗冤，将其中健在者擢升要职。
如此，少年天子赢得了八旗大多数大臣的衷心拥戴，组成了以索尼、鳌拜、遏必隆、巴哈、哈什屯等两黄旗大臣为核心的上三旗嫡系，为皇帝独揽军政大权，乾纲独断奠定了坚实的基础。
其三，抑王崇君，禁革王管部院。福临亲政之初，希望得到诸王的支持，稳定政局，奠定可靠的统治基础，采取措施在亲政后的一年里为被害的王公肃王豪格平反，加恩庶兄硕塞为和硕亲王，正式封傅洛、尼堪为和硕亲王及晋封一批宗室，对郑亲王及其子加以荣宠封赏，取消睿王时所定“理事三王”由诸王管理部院，扩大议政王大臣会议的成员和权限，利用诸王公大臣尤其是郑亲王济尔哈朗和皇兄承泽亲王硕塞及两黄旗大臣为巩固自己的统治基础、稳定政局服务。又极力防范王权过大，分散君权，避免出现多尔衮专权时的局面，在顺治九年正月三十日谕内三院：“以后一应奏章，悉进朕览，不必启和硕郑亲王”；二月十八日下谕封济尔哈朗为“叔和硕郑亲王”，三月十五日罢诸王、贝勒、贝子管理部务，福临完成了抑王崇君集权的举措。
其四，顺治九年三月二十二日，福临降谕诸王大臣会审拜伊图、巩阿岱、锡翰、内大臣席那布库、冷僧机五人“背朕迎合睿王，以乱国政”的罪名，将贝子巩阿岱、锡翰、席那布库、冷僧机正法，籍没家产，贝勒拜伊图免死禁锢狱中，其弟、子、侄皆革去宗室为民，席那布库之子侄革去侍卫为民。此举是对背叛帝君，投靠他王的严惩。
至此，福临才真正巩固了皇帝乾纲独断无比威严的地位。
顺治十年八月二十四日，他谕礼部、内三院察阅前代废后事例，上奏。此谕使内三院大学士十分震惊，大学士冯铨、陈名夏、成克巩、张端、刘宗正不得不急忙上奏说“臣等不胜悚惧”“皇后母仪天下，关系甚重”，“废后一节，终为圣德之累”，“望皇上深思详虑，慎重举动”。
福临深知此乃大战之序幕，立即降旨反驳说：“皇后母仪天下，关系至重，宜慎举动，果如所言，皇后壶放攸系，正位匪轻，故废无能之人。尔等身为大臣，反于无益处具奏沽名，甚属不合，著严饬行”。
福临废后德原因，《清史稿》评述解释为“上好简朴，后则嗜奢侈，又妬，积与上忤”。周远廉先生在所著《顺治帝》中认为：“此言欠妥，皇后是否爱好奢侈，妬心太甚，常与帝争吵，史无明文，难以结论，但如果说福临乃生性简朴之君，则与事实大有出入，这位少年天子可不是节俭惜财的汉文帝，而是很爱铺张浪费讲究享受的风流天子。”
顺治十年八月二十六日，福临谕礼部：“朕惟自古帝王，必立后以资内助。然皆慎重遴选，使可母仪天下，今后乃睿王于朕幼冲时，因亲订婚，未经选择。自册立之始，即与朕意志不协。宫阃参商，已历三载，事上御下，淑善难期，不足仰承宗庙之重，谨于八月二十五日奏闻皇太后，降为静妃，改居侧宫。”事情发生后，举朝哗然，礼部尚书胡世安、侍郎吕崇烈、高珩奏言说：“忽接上谕，今后不能袛承圣意，降为静妃。臣等思八年册立之初，恭告天地、宗庙、布告天下。今二十五日奏闻皇太后，即日降为静妃，圣谕中未言及与诸王大臣公议及告天地、宗庙”，“恐中外疑揣，伏愿皇上慎重审详，以全始终，以笃恩礼”。意思很明显，废后大事要有程序以示昭重。福临只好“下议政诸王、贝勒及大臣、内三院、九卿、詹事、六科都给事中，各掌道御史会议具奏”。
首先，礼部仪制司员外郎孔允樾上奏表示“偶闻废后一事，不觉悚然”，对废后原因不解，提出不该废后，而应“仿旧制选立东西二宫，共襄内治”。接着御史宗敦一、潘朝选等14人合疏奏言表示“不胜惊骇”，以为“未闻皇后失德”，“忽而见废”“不无为圣德之累”，皇后没有什么过失，那就成了皇帝德过失了，希望“收回成命”。但年轻德福临，此时已很有主见，说你们这么说是为爱护皇上，但你们什么情况也不了解。让我听从，就是不尽职了。你们能说出她没有过错的地方吗？这一下，诸王大臣傻了眼了，他们除郊祀朝见外平时都很少见到皇帝，更别提皇后了，是没有发言权的，只好说“圣主在上，臣复何言”了。最后，郑亲王等王大臣会议，以“圣旨甚明，臣等亦以为是”，通过了废后之议。福临说你们“既共以为是”，那就废后。
姜相顺先生在《清宫斗争内幕》一书中认为：“废后一事，福临颇费口舌，除了以无能当废后外，他还举出因睿王多尔衮在他幼年时因亲定婚，夫妻之间‘意志不协’等原因。这并非都不可成立。但其中‘因亲’一条，实应考虑。这个‘亲’是其母孝庄文皇后的亲。废后一事，福临虽然请示了母亲，但其间透露了福临长大后与其母孝庄文皇后不睦。值得注意的是，福临在指责因亲而定婚事与多尔衮联系在一起，显然其母也在指责范围之内。福临显然是接受了汉族士大夫封建思想德影响，以母再嫁为丑了。史籍上不见有孝庄文皇后的反应，她显然是保持沉默。但其内心并不同意其子所为，所以在不到一年后又将她的侄孙女立为皇后，这使年轻的皇帝也无可奈何”。
——《大清王朝之谜》
