科尔沁与满洲关系的第一阶段，属于联盟阶段。这种关系大致形成于努尔哈赤时代，即十六世纪末到十七世纪初。当时，北方形成了两股政治势力：一是以林丹汗为首的蒙古察哈尔部，二是以努尔哈赤为首的建州部。林丹汗一心想恢复达延汗时期大一统的祖业，其势盛时“东起辽东，西至洮河”，科尔沁等蒙古部皆受其役属。建州部与明朝往来，在抚顺等四地互市贸易，经济实力也有所增强，“民殷国富”。
努尔哈赤为了进攻明朝，需要壮大自己的力量。首先对地理比邻的蒙古各部封建主采取积极笼络政策为争取察哈尔部林丹汗归顺后金，努尔哈赤给林丹汗的劝降书说：蒙古与女真，“言虽殊，而服发亦相类”，当时，努尔哈赤为表示与蒙古族亲善，亦自称“我是蒙古遗种”。但察哈尔的林丹汗自称“四十万众蒙古国主”，称努尔哈赤为“水滨三万人满洲国主”。为了发展自己的势力，努尔哈赤对蒙古采取分化瓦解的政策，争取了与察哈尔有隙的科尔沁部。科尔沁与满洲联盟的建立，有一个军事冲突到被迫联合的过程，是经历一番时战时和的斗争才逐步实现的。
扈伦四部之一的叶赫与满洲有矛盾。
明万历二十一年（1593年）九月，海西女真扈伦四部中叶赫部首领布斋，纠结了其他三部的哈达部、乌拉部和辉发部，长白山二部的珠舍里部和纳殷部，以及蒙古部落中嫩江三部的科尔沁部首领翁果岱、莽古斯、明安（科尔沁左翼后旗之祖），锡伯部和瓜尔佳部，共计九个部落组成联军，发兵三万余人，军分三路，进攻以努尔哈赤为首的建州女真，史称九部联军伐满洲。联军战败，叶赫部布寨被杀，乌喇部贝勒布占泰被擒，“蒙古科尔沁贝勒明安马被擒，遂弃鞍，仅身免”。努尔哈赤趁科尔沁败北之际机，主动修好，采取以德报怨的态度，将“选所获蒙古人二十，令其骑战马披锦衣，回科尔沁部宣传努尔哈赤的威德”。
明万历二十二年（1594年）科尔沁部贝勒明安、内喀尔喀五部贝勒老萨，始遣使向努尔哈赤通好。明安献马百匹、骆驼十峰。从此，“蒙古诸贝勒，通使不绝”，这是科尔沁与满洲通好的最早记载。
为了与科尔沁部建立联盟，努尔哈赤采取了怀柔为主的政策。他利用满洲与科尔沁接壤，风俗文化接近和二者祖先有过交往的历史等各种条件，施展其招抚、和亲的手段，拉拢科尔沁部台吉。据《满文老档》记载，九部联军伐满洲失败后，满洲与科尔沁部互相娶嫁。明万历四十年（1612）4月，科尔沁部的明安将女儿嫁于聪睿恭敬汗（努尔哈赤）为妻；万历四十二年（1614）4月，努哈赤赤八子皇太极（清太宗）娶科尔沁部莽古思之女为妻，后被尊为孝端文皇后；尔后,第十二子阿济格娶科尔沁部孔果尔女为妻；万历四十三年（1615）正月，努尔哈赤娶科尔沁孔果尔台吉女为妻；1617年（天命二年）2月，努尔哈赤将其弟舒尔哈赤之女，嫁于内喀尔喀巴约特部台吉恩格德尔；1624年（天命九年）5月,第十四子多尔衮娶科尔沁部桑阿尔寨台吉之女为妻。1625年（天命十年）2月,第八子皇太极娶科尔沁部贝勒斋桑之女博尔济锦氏为妻，后被尊为孝庄皇后。9年后布木布泰26岁的姐姐（海兰珠）也嫁给皇太极。
明万历四十四年（1616年），努尔哈赤建立后金国，建元天命，定都赫图阿拉。翌年（1617年）正月，科尔沁部明安率众亲自至赫图阿拉朝贡，谒见努尔哈赤以示庆贺。
后金统治者努尔哈赤家族与蒙古科尔沁等部封建主之间通过联姻关系的密切联系，为今后的“满蒙联盟”奠定了基础。同时，科尔沁台吉不断向努尔哈赤贡献牲畜。努尔哈赤对每次贡献都回赐大量盔甲、缎、布匹等。1617年（天命二年）正月，明安等人受到以努尔哈赤和妃子、诸贝勒大臣的隆重欢迎。努尔哈赤出兴京城五百里之外，至富尔简山冈，与明安在马上行抱见礼。明安向努尔哈赤进献大批礼物：驼十峰、牛百头、马百匹和干肉十三车，干酪、油二车，另有三峰骆驼驮载的毛毡。努尔哈赤每日设小宴，间日大宴，招待明安三十天。临走时，赏给明安四十户、甲四十副，以及大量的缎子、布匹等。并且，亲自送出京城三十里。努尔哈赤对明安的迎送礼节，在清初是罕见的，其目的是使科尔沁台吉进一步归附他，并以此吸引其他蒙古部。
努尔哈赤为了进一步发展和巩固与科尔沁的联盟，在和亲的同时，又通过结盟的形式，巩固这种联盟。1624年（天命九年、明天启四年）2月，努尔哈赤派库尔缠、希福前往科尔沁部，与其首领奥巴（科尔沁右翼中旗之祖）等缔结盟约。双方刑白牛乌马，焚香誓盟：“满洲、科尔沁二国，愤察哈尔侮慢，是用缔结盟好，昭告天地。今后满洲若惑于察哈尔诈谋，受其馈赠，不预闻科尔沁，先于之合，天地降之罚，殃及其身，如此血，如此骨，如此土，俾坠厥命。若科尔沁惑于察哈尔诈谋馈赠，不预闻满洲，先于之合，降罚亦如之”。盟约双方各有目的，科尔沁为了借用后金的力量摆脱林丹汗的控制，努尔哈赤则利用科尔沁对付察哈尔，以解除伐明的后顾之忧。此时，林丹汗叔祖岱青与林丹汗不和，遂领所属部众逃入科尔沁，受奥巴的保护。林丹汗命弘吉喇特部齐赛领兵追回岱青台吉，深入科尔沁斩杀了前来堵截的奥巴属下6位台吉，胜利而返。
明天启五年（1625年），后金与科尔沁的联姻和盟誓，使林丹汗大为震怒，为了阻止满洲的扩张，决定十一月乘“河水未结、草未枯”之际，亲自率领内喀尔喀部分兵力，前往科尔沁奥巴驻地格勒珠尔根城，围城问罪。奥巴向努尔哈赤告急，要求他履行盟约。努尔哈赤一面告诉奥巴坚守城郭，一面派皇太极选五千精骑弛援。林丹汗围攻奥巴所居之格勒朱尔城数日不下，闻皇太吉来援，遂不战而走。
奥巴为了报答努尔哈赤解围之恩，于1626年（天命十年）5月，谒见努尔哈赤，并献貂裘，努尔哈赤以礼待之，将弟舒尔哈赤四子图伦女肫哲公主嫁给奥巴为妻。6月，奥巴与努尔哈赤在浑河再次结盟，重申誓词，“结盟好，刑白马乌牛，祭告天地”。双方表示，联合一致以御察哈尔和明朝。由于奥巴战察哈尔有功，努尔哈赤封其为土谢图汗，并赐盔甲、雕鞍等，将岱达尔汗的名号赐给图昧，将札萨克图都楞的名号赐给布达齐，将青卓礼克图的名号赐给和尔和堆。他们都是土谢图汗的兄弟。就这样，奥巴成了科尔沁第一代土谢图汗（王）。蒙古各部与后金政权的关系，虽曾发生过多次归叛反复，但是，努尔哈赤善于运筹恩威并施，使蒙古各部封建主迫以兵威，应顺形势，相继率部众前来归顺。
科尔沁与满洲的关系的第二阶段属于臣服性质，即二者由联盟关系变为从属、臣服关系，科尔沁台吉成为清朝的“不侵不叛”之臣。这种关系从皇太极执政起，一直延续到后来。
1626年（天命十年）八月，努尔哈赤逝世，皇太极即位，9月，改元天聪。皇太极继承发展了努尔哈赤对科尔沁蒙古内、喀尔喀五部和其它蒙古诸部的政策，对科尔沁等蒙古地区实行强化统治。
1628年（天聪二年），皇太极得知察哈尔根本动摇，召集归附的蒙古各部准备乘机出击察哈尔，约定九月在绰络郭勒地方与科尔沁会兵，集合待战，同时又在科尔沁继续征兵。但是科尔沁部届期不至，告诉后金所遣使臣说，将自为一路掠察哈尔边境，掠毕再来会，使皇太极组织的这次出征流产。皇太极只好率后金兵及蒙古其他各部兵象征性地出征，未至西拉木伦河就班师。科尔沁部只有左翼的满珠习礼及洪果尔子巴敦掠察哈尔后前来，其余台吉自行回军。后金方面认为“尔土谢图言合兵征讨，不至所约之地，使我与察哈尔构怨，而尔实与察哈尔通好，是欺我也。”于是皇太吉与诸贝勒议定不遣使往科尔沁，亦不见其臣。
（1628年（天聪二年）九月三日，皇太极将亲征察哈尔部林丹汗，他以盟主的身份，遣使传谕“蒙古科尔沁国诸贝勒、喀喇沁部落塔布囊等，敖汉、奈曼及喀尔喀部落诸贝勒，令各率所部兵，会于所约之地”。六日，皇太极率领大军离开沈阳，西征林丹汗。八日，大军到达都尔鼻，敖汉部济发琐诺木杜稜，奈曼部达尔汉巴图鲁衮出斯等，各率兵来会。九日，当大军抵达辽阳，喀尔喀部诸贝勒，各领兵来会。十三日，扎鲁特部台吉喀巴海，率兵来会。十七日，喀喇沁部汗喇恩喀布、布颜阿海之子台吉毕喇什、万旦卫征、塔布囊马济、贝勒耿格尔及塔布囊等，各率师来会。十八日，喀喇沁部首领苏布地杜稜等，率众以兵来会。惟有科尔沁诸贝勒俱不至，奥巴等人领兵自行攻掠，皇太极得知大怒，遣使速令来会。）
1628年（天聪二年）派近侍索尼等利用向公主（奥巴妻）送礼的名义，持信来到科尔沁部，停留十日，“以观（奥巴）情形”。在信中，皇太极列述对科尔沁的“宽仁”，以诱奥巴。同时，还列举奥巴九大“罪状”：有“奸谋”之心；不打察哈尔，反与之通好；与明朝两次通市贸易等。于是，皇太极下令，不得与奥巴往来。这一绝交的消息，使奥巴大惊，立即遣使见皇太极，同时写信托二贝勒阿敏为“周旋之”。奥巴在皇太极的威逼利诱面前，向皇太极派来的使者表示“足虽病，当令人扶掖来朝”，即使皇太极不见，也要遥拜于外，以表忠心。皇太极的使者刚刚返回，奥巴就于1629年（天聪三年）正月带病亲赴沈阳拜见皇太极，献驮马谢罪。皇太极亦以礼待之。同年九月下旬，皇太极进攻明朝，奥巴再也不敢怠慢，立即率科尔沁部二十三名台吉参加战斗。从此，科尔沁奥巴与皇太极为首的满洲贵族结成了休戚与共、“忧乐相同”的“臂指”关系，以奥巴为首的科尔沁也就成了清朝可以依靠的一支重要力量。
1629年（天聪三年）正月，皇太极颁发“敕谕”：科尔沁、敖汗、奈曼、内喀尔喀和喀喇沁五部“悉遵我朝制度”。次年3月，“审定军令”，特别指出，在征伐察哈尔、明朝时科尔沁等蒙古各部必需“从征”，“协力同心，共申敌忾”，违者及误期不参战者，皆受罚。这样科尔沁部完全就范。
明崇祯四年（1631年）皇太极设6部，任命科尔沁台吉满珠习礼为吏部蒙古承政，布颜代为礼部蒙古承政，多尔济为刑部蒙古承政。科尔沁部贵族开始进入后金中央政权中任职。
是年九月，土谢图汗奥巴病卒。后金汗皇太极悉奥巴去世，为素服垂涕，并遣宗室篇古、额驸扬古利等致祭，寻授其子巴达礼济农，袭土谢图汗号。
十月，皇太极派阿什达尔汉、达雅齐二人前往蒙古，向蒙古诸部宣布“钦定法令”，严格划定各部牧地疆界，分定人口。规定有进入别人疆界者“坐以侵犯之罪”。这也是旗地封禁之始。
噶尔珠塞特尔（博第达赖第七子额尔济卓里克图之子），在皇太极加紧征讨察哈尔之际，噶尔珠塞特尔联合科尔沁部海赖、布颜代、塞布垒、百谷垒等，抗拒征兵调马。据史料记载，噶尔珠塞特尔“凡遇兴师，既不随行”，即使出兵也不听从调遣。1634年（天聪八年）正月，噶尔珠塞特尔等各率所部民众“托言往征北方索伦部落，取贡赋自给，遂‘叛’去。响应噶尔珠塞特尔的还有”不遵法度，向怀‘叛’心的科尔沁台吉班第、色本、额古等人。额古系科尔沁奥巴的部下，早已“有罪”满洲，皇太极曾令奥巴将额古执送满洲或以牲畜赎之。对噶尔珠塞特尔等人的不轨行为，皇太极利用科尔沁台吉土谢图济农巴达礼等的力量进行镇压，还专派希福等人往谕：“法律所载叛者必诛，而科尔沁贝勒若获噶尔珠塞特尔等，欲诛则诛之，若不诛，而欲以之为奴者，听。”皇太极又令索伦部首领巴达尔齐由沈阳急回本地，调兵协剿。噶尔珠塞特尔等寡不敌众，兵败被杀，额古等三人被俘。皇太极镇压了噶尔珠塞特尔的反抗斗争，接着又令“分辖所遗人户”，随之将噶尔珠塞特尔等人的部众、家属、牲畜等分给科尔沁、土默特、扎赉特诸台吉，额古交科尔沁台吉伊尔都齐、吴克善等监管。
皇太极利用科尔沁的力量镇压了噶尔珠塞特尔等的反抗，进一步地控制了科尔沁。1636年（天聪十年）3月，科尔沁等蒙古部十六部四十九台吉汇集盛京，会同他人请皇太极受尊号。4月11日，皇太极受之，更国号为大清，改元崇德。16日，科尔沁部巴达礼、吴克善等，率众台吉进盛筵于笃恭殿。18日，皇太极设宴招待科尔沁诸王公。19日，在清宁宫（即中宫）宴请左翼外藩蒙古科尔沁。23日，封官赐爵。其中，奥巴之子科尔沁土谢图济农巴达礼被封为土谢图亲王，去汗号，诏世袭罔替，领科尔沁右翼中旗；吴克善台吉为和硕卓礼克图亲王，诏世袭罔替，领科尔沁左翼中旗；布达奇（哈布图哈撒尔十八世孙）封札萨克多罗札萨克图郡王，诏世袭罔替，领科尔沁右翼前旗；喇嘛什希（哈布图哈撒尔十八世孙）封札萨克镇国公，领科尔沁右翼后旗；蒙衮（哈布图哈撒尔十七世孙），于1648年封固山贝子，诏世袭罔替，领扎赉特旗。
为了更有效的统治蒙古地区，皇太极于1636年（崇德元年）设立蒙古衙门，以尼堪和塔布囊达雅齐为承政，另置若干参政，专管蒙古事务。凡关于蒙古诸部的编旗、会盟、赏赐、通婚等事，均由蒙古衙门负责处理。由于需要处理的蒙古事务日益增多，1638年改称理藩院，主要治理蒙古地区。
同时，清朝对蒙古部族实行盟旗制，自崇德元年设旗编佐始，把旗的组织推广到整个蒙古地区，将蒙古划分为内属蒙古和外藩蒙古，又将外藩蒙古分为内札萨克蒙古和外札萨克蒙古。
哲里木盟，简称哲盟，以嫩科尔沁部为基础组成。其他3个部如扎赉特部、杜尔伯特部、郭尔罗斯部皆因与其同祖而附之。科尔沁部所属10旗分左右翼，图什业图亲王掌右翼五旗事，达尔罕亲王掌左翼五旗事。4部10旗会盟于科尔沁右翼中旗境内的哲里木山下。在清代其地域东临吉林和黑龙江将军辖区，西界昭乌达盟和锡林郭勒盟，南靠奉天府，北界黑龙江将军辖界。
哲盟贡道往由山海关。清廷还规定，凡哲里木重大事件，科尔沁六旗以近奉天，故由盛京将军专奏。
科尔沁左翼前旗：崇德元年（1636年）设，旗治设在伊克岳里泊（一说鄂勒济布里特）有佐领3。
科尔沁左翼中旗：崇德元年设，旗治设在伊克唐噶里克坡（一说唐哈里克），有佐领46。
科尔沁左翼后旗：顺治六年（1649年）设，旗治设于双和尔山（一说济尔哈朗图），有佐领32。
科尔沁右翼前旗：崇德元年设，旗治设在锡喇布尔哈苏（一说翁衮山），有佐领16。
科尔沁右翼中旗：崇德元年设，旗治设于巴音胡硕山之南的塔克禅，有佐领23。
科尔沁右翼后旗：崇德元年设，旗治设在额默勒图锡里，有佐领16。
郭尔罗斯前旗：顺治五年（1648年）设，旗治在古尔班查汗（又译为固尔班笃洛噶），有佐领23。
郭尔罗斯后旗：顺治五年设，旗治在嘉朱温都尔（汉名榛子岭），有佐领34。
杜尔伯特旗：顺治五年设，旗治在托克托尔坡（一说图布森锡埒图），有佐领25。
扎赉特旗：顺治五年设，旗治所在图卜新察罕锡里，有佐领16。
1636年，皇太极派遣大学士希福，蒙古衙门承政尼堪，携都察院承政阿什达尔汗，前往科尔沁、察哈尔等地“查户口、编牛录、会外藩、审罪犯、颁法律、禁奸盗”。授权于希福等大臣“料理一切事务”，希福等人“以五十家变为牛录，造载牛录章京姓名及甲士数目册籍”。这样使得科尔沁蒙古在政治、经济、军事以及司法等，全面纳入了大清王朝的统治轨道。科尔沁蒙古对清朝入关，统一全国及巩固清朝政权起了很大的作用。
科尔沁蒙古终清一世一直为皇家礼重，除亲缘关系外，更主要的是它在清朝开国定鼎中战功卓著，正如《清史稿》所说的那样：“图谢图亲王、达尔汉亲王、卓礼克图亲王、札萨克图郡王四爵俸币视他部独增，非惟礼崇姻戚，抑以其功冠焉”。从清开国至清亡二百余年间，嫩科尔沁部为清王朝的建立立下了不朽的功勋。
